Abstract Indiscriminate use of highly toxic pesticides in agriculture has produced soil contamination and deterioration of ecosystems. A promising solution to this environmental problem is bioremediation, which includes the use of bacteria to degrade contaminating substances. (Objective): The objective of this work was to isolate, identify, and characterize bacterial strains capable of degrading the pesticides chlorothalonil and chlorpyrifos to determine their potential use in bioremediation of contaminated soils. (Methodology): The strains were isolated from agricultural soils using enrichment cultures containing chlorothalonil or chlorpyrifos (20 mg/L) as the sole carbon source. The isolated strains were characterized by their morphology, by their physiological responses to 48 biochemical tests and sensitivity to 1 antibiotics, by their growth kinetics, and in molecular terms (amplification of the gene rDNA 16S). (Results): In total, three strains were isolated, one capable of using (and degrading) chlorpyrifos, identified as Stenotrophomonas maltophilia, and two bacterial strains with a partial ability to use chlorothalonil as a carbon source, identified as Enterobacter cloacae and Ochrobactrumanthropi. The three bacterial species are Gram-negative bacilli and have diverse physiological characteristics, including variable resistance to certain antibiotics. (Conclusion): It is concluded that the isolated bacteria have biotechnological potential to be incorporated into a bioremediation strategy for contaminated soils, especially for the elimination of chlorpyrifos. Finally, further research perspectives are proposed to determine more efficient processes of chlorothalonil degradation by cometabolism.

Resumen El uso indiscriminado de plaguicidas altamente tóxicos en la agricultura ha producido contaminación de los suelos y deterioro de los ecosistemas. Una solución prometedora para este problema ambiental es la biorremediación, que incluye el uso de bacterias para degradar estas sustancias contaminantes. (Objetivo): El presente trabajo tuvo por objetivo el aislamiento, identificación y caracterización de cepas bacterianas con capacidad de degradar los plaguicidas clorotalonil y clorpirifos, para su potencial uso en la biorremediación de suelos contaminados. (Metodología): Las cepas fueron aisladas de suelos agrícolas mediante cultivos de enriquecimiento, que contenían clorotalonil o clorpirifos (20 mg/L) como única fuente de carbono. Las cepas aisladas se caracterizaron por su morfología, fisiológicamente por su respuesta a 48 pruebas bioquímicas y frente a 15 antibióticos, cinética de crecimiento, y molecularmente (amplificación del gen ADNr 16S). (Resultados): Se aisló una cepa bacteriana capaz de utilizar (y degradar) clorpirifos como fuente de carbono, identificada como Stenotrophomonas maltophilia y dos cepas bacterianas con capacidad parcial de utilizar clorotalonil como fuente de carbono, identificadas como Enterobacter cloacae y Ochrobactrum anthropi. Las tres especies bacterianas son bacilos Gram negativo y presentaron características fisiológicas diversas, incluyendo resistencia variable a ciertos antibióticos. (Conclusión): Se concluye que las bacterias aisladas tienen potencial biotecnológico para ser incorporadas en una estrategia de biorremediación de suelos contaminados, especialmente para eliminación de clorpirifos. Finalmente, se plantean perspectivas de investigación a futuro para dilucidar procesos más eficientes de degradación de clorotalonil mediante cometabolismo.

Resumo O uso indiscriminado de pesticidas altamente tóxicos na agricultura tem causado contaminação do solo e deterioração dos ecossistemas. Uma solução promissora para esse problema ambiental é a biorremediação, que inclui o uso de bactérias para decompor essas substâncias poluentes. (Objetivo): O objetivo deste trabalho foi o isolamento, identificação e caracterização de cepas bacterianas com capacidade de degradar os agrotóxicos clorotalonil e clorpirifós, para seu potencial uso em biorremediação de solos contaminados. (Metodologia): As cepas foram isoladas de solos agrícolas por meio de culturas de enriquecimento, que continham clorotalonil ou clorpirifós (20 mg/L) como única fonte de carbono. As cepas isoladas foram caracterizadas quanto à morfologia, fisiologica ente pela resposta a 48 testes bioquímicos e contra 15 antibióticos, cinética de crescimento e molecularmente amplificação do gene 16S rRNA). (Resultados): Foram isoladas uma cepa bacteriana capaz de utilizar (e decompor) o clorpirifós como fonte de carbono, identificada como Stenotrophomonas maltophilia, e duas cepas bacterianas com capacidade parcial de utilizar o clorotalonil como fonte de carbono, identificadas como Enterobacter cloacae e Ochrobactrum anthropi. As três espécies bacterianas são bacilos Gram-negativos e apresentaram diversas características fisiológicas, incluindo resistência variável a determinados antibióticos. (Conclusão): Conclui-se que as bactérias isoladas possuem potencial biotecnológico para serem incorporadas a uma estratégia de biorremediação de solos contaminados, principalmente para a eliminação de clorpirifós. Por fim, são levantadas perspectivas de pesquisas futuras para elucidar processos mais eficientes de degradação do clorotalonil por meio do cometabolismo.

Abstract Introduction: The trout aquacultural activity has gradually increased in Costa Rican highlands. Residual waters from this activity are discarded directly in the rivers without any previous treatment process. Consequently, this activity could severely contaminate the river with bacteria that can affect human health. Objective: To evaluate bacterial contamination from trout aquaculture on Río Savegre, Costa Rica. Methods: We counted total coliforms and Escherichia coli from monthly samples (2015-2018) at three sections of the largest aquacultural development in the upper drainage of the river. We collected samples at the fish ponds entrance, exit and 200 m downwards. Results: We found fewer total coliforms and E. coli in the water collected just at the exit of the fish ponds. We counted more total coliforms in 2016 and 2017, and more E. coli in 2016. Conclusions: Coliform and E. coli counts are high in the river, but, unexpectedly, low in the water discarded from the fish tanks. Perhaps the mucus produced by the trouts or substances released by mosses on the fish tank walls reduce bacterial growth, as suggested by other studies. River pollution appears to come from other sources.

Resumen Introducción: La acuacultura de truchas ha incrementado gradualmente en las tierras altas de Costa Rica. Las aguas residuales de esta actividad son descartadas directamente en los ríos, sin tratamientos previos. Como consecuencia, la actividad truchícola puede contaminar severamente el agua de los ríos con bacterias que pueden afectar la salud humana. Objetivo: Evaluar la contaminación bacteriana por la acuacultura de truchas en el río Savegre, Costa Rica. Métodos: Contamos los coliformes totales y Escherichia coli de muestras mensuales (2015-2018) en tres secciones del proyecto de acuacultura más grande de la cuenca alta del río. Recolectamos las muestras en la entrada de los estanques para las truchas, a la salida, y 200 m hacia abajo. Resultados: Encontramos menos coliformes totales y E. coli en el agua recolectada justo en la salida del agua de los estanques. El número de coliformes totales fue mayor en el 2016 y 2017, y de E. coli en el 2016. Conclusiones: Conteos de coliformes y de E. coli es muy alto en el río, pero inesperadamente, su número disminuye en el agua residual descartada de los estanques. Podría ser que el mucus producido por las truchas o sustancias liberadas del musgo que cubre la pared de los estanques reduzca el crecimiento de bacterias, como se ha sido sugerido en otros estudios. La contaminación del río parece venir de otras fuentes.

RESUMEN Introducción. El grado de acidez Dornic (AD), medida indirecta del grado de contaminación de la leche humana cruda (LHC), proporciona información sobre la calidad de esta. Recién extraída, el valor oscila entre 1,0° y 4,0° (óptimo). Descalifica el consumo si es >8,0 °D. Se evaluó la correlación de la AD de la LHC de donantes internas (DI) y externas (DE) según el tiempo de conservación hasta la pasteurización, y se determinó la prevalencia de AD <4 °D. Población y método. Estudio retrospectivo analítico. Resultados. Sobre 13 203 muestras, la AD a partir del día 14 de conservación fue menor en las donantes internas, de 2,92; (IC95% 2,69-3,15) versus 4,01 (IC95%: 3,94-4,08); p <0,001] con mayor proporción de AD <4 °D (88 % en DI versus 76 % en DE); OR: 2,30 (IC95%: 1,25-4,24); p = 0,003. Coeficiente de correlación para las DI: R2:0; p = 1). Conclusión. La AD a partir del día 14 fue menor en DI, presentando mayor prevalencia de AD < 4°D. No existió correlación entre el tiempo de conservación y la AD en las DI.

ABSTRACT Introduction: Infections Associated with Health Care (IAAS) are a serious problem for health care facilities, not only as a cause of morbidity and mortality but also because of the high costs they generate. Contaminated environments are a danger for any health care facilities. Objective: To determine the efficacy of hospital disinfectants against microorganisms isolated from surfaces (ventilator, monitor and surface of the hospital bed) in critical areas of the “Santa Rosa” Hospital, Lima-Peru. Material and Methods: An observational, prospective and cross-sectional study was conducted to evaluate disinfection products used to clean floors and surfaces. The surface challenge test was performed using control strains. Samples were collected from the adult intensive care unit (ICU), the neonatal intensive care unit (NICU) and the special care unit (SCU) of the Santa Rosa Hospital. The effect of the disinfectants was evaluated at the fifth, tenth and fifteen minutes. Results: Under the study conditions and considering the time and speed of bacterial death due to the disinfectant effect, the most effective products were quaternary ammonium (Supersafe-D) and 1% sodium hypochlorite. Conclusions: None of the disinfectants met the chamber test requirements. The products achieved the expected effects after 10 to 15 minutes.

RESUMEN Introducción: Las Infecciones Asociadas a la Atención en Salud (IAAS) son un serio problema para los establecimientos de salud, no solo como causal de morbimortalidad sino también por los altos costos que generan. La contaminación de ambientes son un peligro para cualquier establecimiento sanitario. Objetivo: Determinar la eficacia de los desinfectantes de uso hospitalario frente a microorganismos aislados de superficies (respirador, monitor y superficie de la cama clínica) de áreas críticas del Hospital “Santa Rosa”, Lima, Perú. Material y Métodos: Estudio observacional, prospectivo y transversal, se evaluaron varios productos de desinfección de superficies. Se utilizó la prueba de reto en superficie utilizando cepas control. Las muestras fueron recolectadas de los servicios de Unidad de Cuidados Intensivos Adultos (UCI), Unidad de Cuidados Intensivos Neonatal (UCINEO), Unidad de Cuidados Especiales de Medicina (UCEM) del Hospital “San Rosa”. El efecto de los desinfectantes evaluados se realizó a los 5, 10 y 15 minutos. Resultados: En las condiciones del ensayo y considerando los tiempos y velocidad de muerte bacteriana por efecto del desinfectante, los productos de mayor eficacia resultaron ser el amonio cuaternario (Supersafe D) e hipoclorito de sodio a 1 %. Conclusiones: Ninguno de los desinfectantes logró alcanzar las exigencias del test de Chambers. Los productos lograron efectos esperados a partir de los 10 ó15 minutos.

Abstract Objective Assess the surface integrity and microbiological conditions of patient-ready screws in orthopaedic trays that had been multiply reprocessed. Methods After full reprocessing, clinical trays used for small fragment surgery provided through a loaner system to a Brazilian hospital were randomly selected during four months. The most (numbers 14, 16 and 18 – Group 1) and least (numbers 10 and 38 – Group 2) frequently implanted screws, therefore, the ones estimated to be the most and least exposed to biological, chemical and physical agents, were randomly removed and subjected to visual inspection (n=126), followed by bacterial culture (n=6 screws/tray, 9 trays), protein test (n=6 screws/tray, 9 trays) and Scanning Electron Microscopy (SEM) (n=2 screws/tray, 9 trays). Positive cultures were subjected to automated bacterial identification and antimicrobial susceptibility tests. Results Grooves were detected on 8.7% screws, predominantly in Group 2 (8/11). Residual protein was detected on 96,3%, and there was no statistically significant difference in the amount of protein between the groups (P=0.07). Bacterial growth was identified in 3/54 screws. Surface damage and soil were visualized on all screws subjected to SEM. Extensive biofilms were detected on eight screws, three from Group 1 and five from Group 2. Conclusion Recovery of bacteria, biofilm accumulation and surface damage were detected on patient-ready screws. Screws frequently remain in surgical trays for multiple reprocessing; thus they are repeatedly exposed to contamination and damage. These findings point to the need to discuss and review the way these single-use implants are currently made available for surgeries.

Resumen Objetivo Evaluar la integridad de la superficie y las condiciones microbiológicas de tornillos listos para uso en bandejas ortopédicas después de múltiples procesamientos. Métodos Después del procesamiento completo, fueron seleccionadas aleatoriamente durante cuatro meses las bandejas utilizadas en cirugías de pequeños fragmentos, proporcionadas mediante el sistema de consignación/comodato en un hospital brasileño. Los tornillos más utilizados (números 14, 16 y 18 – Grupo 1) y menos utilizados (números 10 y 38 – Grupo 2), por lo tanto, los más y menos expuestos a agentes biológicos, químicos y físicos, fueron quitados aleatoriamente y sometidos a inspección visual (n=126), seguido de cultivo bacteriano (n=6 tornillos/bandeja, 9 bandejas), prueba de proteínas (n=6 tornillos/bandeja, 9 bandejas) y microscopía electrónica de barrido (MEB) (n=2 tornillos/bandeja, 9 bandejas). Los cultivos positivos fueron sometidos a métodos automatizados de identificación bacteriana y susceptibilidad antimicrobiana. Resultados Se detectaron ranuras en el 8,7 % de los tornillos, predominantemente en el Grupo 2 (8/11). Se detectó proteína residual en el 96,3 % y no se encontró diferencia estadísticamente significativa en la cantidad de proteína entre los grupos (P=0,07). En 3/54 tornillos se identificó crecimiento bacteriano. Se visualizaron daños en la superficie y presencia de suciedad en todos los tornillos sometidos a MEB. En ocho tornillos se detectó la formación de biopelículas, tres del Grupo 1 y cinco del Grupo 2. Conclusión Se detectó recuperación de bacterias viables, acumulación de biopelícula y daños en la superficie en los tornillos listos para uso. Los tornillos suelen permanecer en las bandejas quirúrgicas y son sometidos a múltiples procesamientos, donde están expuestos a contaminación y daños repetidas veces. Estos descubrimientos señalan la necesidad de discutir y repensar la forma como estos implantes de uso único se ponen a disposición para cirugía actualmente.

Resumo Objetivo Avaliar a integridade da superfície e as condições microbiológicas de parafusos prontos para uso em bandejas ortopédicas após múltiplos processamentos. Métodos Após o processamento completo, as bandejas utilizadas em cirurgias de pequenos fragmentos, fornecidas por meio de sistema de consignação/comodato em um hospital brasileiro, foram selecionadas aleatoriamente durante quatro meses. Os parafusos mais utilizados (números 14, 16 e 18 – Grupo 1) e menos utilizados (números 10 e 38 – Grupo 2), portanto, os mais e menos expostos a agentes biológicos, químicos e físicos, foram aleatoriamente removidos e submetidos a inspeção visual (n=126), seguido de cultura bacteriana (n=6 parafusos/bandeja, 9 bandejas), teste de proteínas (n=6 parafusos/bandeja, 9 bandejas) e Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV) (n=2 parafusos/bandeja, 9 bandejas). As culturas positivas foram submetidas a métodos automatizados de identificação bacteriana e suscetibilidade antimicrobiana. Resultados Foram detectadas ranhuras em 8,7% dos parafusos, predominantemente no Grupo 2 (8/11). Proteína residual foi detectada em 96,3%, e não houve diferença estatisticamente significativa na quantidade de proteína entre os grupos (P=0,07). Crescimento bacteriano foi identificado em 3/54 parafusos. Danos na superfície e presença de sujidade foram visualizados em todos os parafusos submetidos a MEV. Formação de biofilmes extensos foi detectada em oito parafusos, três do Grupo 1 e cinco do Grupo 2. Conclusão Recuperação de bactérias viáveis, acúmulo de biofilme e danos na superfície foram detectados nos parafusos prontos para uso. Os parafusos costumam permanecer nas bandejas cirúrgicas e serem submetidos a múltiplos processamento, sendo expostos a contaminação e danos repetidas vezes. Esses achados apontam para a necessidade de discutir e repensar a forma como esses implantes de uso único são atualmente disponibilizados para cirurgias.

ABSTRACT Los biocidas son aditivos indispensables para que las pinturas y los productos acuosos se mantengan en buen estado hasta su aplicación y una vez aplicadas en las superficies, estos pueden ser específicos para controlar el crecimiento de algas, hongos o bacterias. El objetivo de este trabajo fue evaluar la actividad antimicrobiana in vitro (bactericida y fungicida) de 6 variantes de pintura acuosas almacenadas (175, 176, 177, 178, 179 y 180) y determinar la concentración mínima inhibitoria (CMI) para bacterias y hongos, así como la concentración mínima bactericida (CMB) y fungicida (CMF) del biocida PREVENTOL® D-6, para su uso eficaz en nuevas formulaciones de pinturas. Para la actividad antimicrobiana se preparó una suspensión bacteriana con los géneros Pseudomonas sp y Bacillus sp y para la actividad fungicida se utilizaron los géneros Cladosporium, Aspergillus niger y Penicillium sp, aislados de pinturas contaminadas. La actividad bactericida y fungicida se realiza mediante procedimientos ASTM normalizados y la CMI del biocida se realizó por el método de difusión radial en medio agarizado. Para la CMB y la CMF se utilizaron diluciones dobles seriadas en caldo, con pases a medio sólido. El resultado de la actividad bactericida demuestra que el biocida añadido en todas las variantes ofrece protección contra el posible ataque de bacterias durante el almacenamiento. En las variantes 175, 176 y 177 se demostró una intensa actividad fungicida, no así en las variantes 178, 179 y 180, que se observará crecimiento sobre las sondas mayor al 60 % a partir de los 10 días. La CMI y CMB para bacterias es de 0,01 % y para los hongos es de 0,1 %. Las variantes de pinturas analizadas no presentan contaminación y el preservo añadido demuestra actividad bactericida en todas las variantes. Las variantes 175, 176 y 177 son resistentes al ataque de hongos ambientales en la película aplicada, no así las variantes 178, 179 y 180 que son susceptibles. Las dosis recomendadas del biocida PREVENTOL® D-6 para las nuevas formulaciones de pinturas es de 0.1 %, concentración mínima a la cual demostró efecto bactericida y fungicida.

RESUMEN Los biocidas son aditivos indispensables para que las pinturas y los productos acuosos se mantengan en buen estado hasta su aplicación y una vez aplicadas en las superficies, estos pueden ser específicos para controlar el crecimiento de algas, hongos, o bacterias. El objetivo de este trabajo fue evaluar la actividad antimicrobiana in vitro (bactericida y fungicida) de 6 variantes de pintura acuosas almacenadas (175, 176, 177, 178, 179 y 180) y determinar la concentración mínima inhibitoria (CMI) para bacterias y hongos, así como la concentración mínima bactericida (CMB) y fungicida (CMF) del biocida PREVENTOL® D-6, para su uso eficaz en nuevas formulaciones de pinturas. Para la actividad antimicrobiana se preparó una suspensión bacterial con los géneros Pseudomonas sp y Bacillus sp y para la actividad fungicida se utilizaron los géneros Cladosporium, Aspergillus niger y Penicillium sp, aislados de pinturas contaminadas. La actividad bactericida y fungicida se determinó mediante procedimientos ASTM normalizados y la CMI del biocida se realizó por el método de difusión radial en medio agarizado. Para la CMB y la CMF se utilizaron diluciones dobles seriadas en caldo, con pases a medio sólido. El resultado de la actividad bactericida demostró que el biocida añadido en todas las variantes ofrece protección contra el posible ataque de bacterias durante el almacenamiento. En las variantes 175, 176 y 177 se demostró una intensa actividad fungicida, no así en las variantes 178, 179 y 180, que se observó crecimiento sobre las probetas mayor al 60 % a partir de los 10 días. La CMI y CMB para bacterias es de 0.01 % y para los hongos es de 0.1 %. Las variantes de pinturas analizadas no presentan contaminación y el preservo añadido demostró actividad bactericida en todas las variantes. Las variantes 175, 176 y 177 son resistentes al ataque de hongos ambientales en la película aplicada, no así las variantes 178, 179 y 180 que son susceptibles. Las dosis recomendadas del biocida PREVENTOL® D-6 para las nuevas formulaciones de pinturas es de 0.1 %, concentración mínima a la cual demostró efecto bactericida y fungicida.

Resumen Los tratamientos de remediación en suelos contaminados por metales pesados están muy extendidos. No obstante, generalmente, cuando se evalúa su eficacia después de la aplicación, únicamente se tienen en cuenta fracciones del metal (soluble, biodisponible, etc.). Sin embargo, también es relevante conocer el estado de los microorganismos del suelo por las funciones esenciales que desempeñan. En este trabajo se evaluó el efecto de trés tratamientos de remediación en un suelo contaminado por Ni sobre las comunidades bacterianas, en términos de desarrollo de tolerancia al Ni. Los tratamientos de remediación fueron: concha de mejillón (CMT), corteza de pino (CP) y EDTA. También se estableció un control sin tratamientos. La CMT fue el tratamiento más efectivo y menos nocivo, ya que las comunidades bacterianas no desarrollaron tolerancia en respuesta a las adiciones de Ni al suelo. La remediación con CP sólo fue efectiva para niveles de Ni de 500 y 1000 mg·kg-1, pero las comunidades bacterianas desarrollaron tolerancia al Ni para 2000 mg·kg-1. El lavado del suelo con EDTA fue efectivo en términos de desarrollo de tolerancia al Ni por las comunidades bacterianas; no obstante, este procedimiento con EDTA fue demasiado nocivo para las bacterias, perjudicando la salud de la comunidad.

Abstract The use of remediation techniques in polluted soils with heavy metals is widespread. However, in general, after remediation application, only metal fractions (soluble, bioavailable, et.) are taken into account in the assessment of their efficacy. In this sense, it is also relevant to know the status of soil microorganisms because of the essential functions they perform. In the present study, the effect of three remediation techniques on the development of bacterial community tolerance to Ni was assessed. The selected remediation techniques were: crushed mussel shell (CMS), pine bark (PB), and EDTA. A no-treatment control was also established. CMS was the most effective and least harmful treatment, as the bacterial communities did not develop tolerance in response to Ni additions to the soil. Ni-remediation with CP was only effective for Ni levels of 500 and 1000 mg·kg-1, but bacterial communities developed tolerance to Ni at 2000 mg·kg-1. Washing Ni out of the soil with EDTA was effective in terms of the development of bacterial community tolerance to Ni; however, EDTA-procedure was too harmful to the bacteria, damaging the health of the community.

Resumen Introducción: En Chile existe poca información sobre los microorganismos causantes de meningitis adquirida en la comunidad (MAC), la que es relevante a la hora de escoger el esquema antimicrobiano empírico. Objetivo: Describir la microbiología de MAC en pacientes mayores de 15 años atendidos en un hospital público de Santiago (Chile). Metodología: Revisión de cultivos de líquido cefalorraquídeo positivos durante 2011-2017. Se recolectó la información clínica de los pacientes incluidos. Se excluyeron cultivos considerados como contaminación y las meningitis post-quirúrgicas. Resultados: Se identificaron 20 episodios de meningitis bacteriana aguda (MBA) y seis episodios de meningitis criptocócica (MC) entre 2.720 cultivos. Los microorganismos causantes de MBA fueron: Streptococcus pneumoniae (50%), Listeria monocytogenes (25%) y otros cinco agentes (25%). Todos los pacientes con infección por L. monocytogenes presentaban alguna comorbilidad significativa. Cuatro de cinco casos de MC presentaban infección por VIH. Conclusión: Streptococcus pneumoniae fue el microorganismo más frecuente de las MAC en esta serie, seguido por L. monocytogenes. Las recomendaciones actuales de esquemas empíricos de MAC consideran adecuadamente la cobertura de S. pneumoniae en todos los pacientes y de L. monocytogenes solo ante factores de riesgo. Además, es relevante considerar MC en casos en pacientes inmunocomprometidos.

Abstract Background: In Chile, there is scarce information on the frequency of the causative microorganisms of community-acquired meningitis (CAM), which is relevant for the choice of empiric treatment. Aim: To describe the microbiology of CAM in patients over 15 years treated at a public hospital in Santiago (Chile). Methods: Retrospective review of positive cerebrospinal fluid cultures during 2011-2017. Clinical information of the included patients was collected. Cultures considered as contamination and cases of post-surgical meningitis were excluded. Results: We identified 20 episodes of bacterial meningitis (BM) and six episodes of cryptococcal meningitis (CM) in 2720 cultures. The microorganisms identified in BM cases were Streptococcus pneumoniae (50%), Listeria monocytogenes (25%) and five other agents (25%). All patients with L. monocytogenes infection had at least one well-known risk factor for this infection. Four of the five cases of CM had HIV infection. Conclusion: Streptococcus pneumoniae was the most frequent causative microorganism of CAM in this series, followed by L. monocytogenes. Current recommendations for empiric CAM regimens adequately consider coverage for S. pneumoniae in all patients and for L. monocytogenes only in those with risk factors. Furthermore, it is relevant to consider CM in cases involving immunocompromised patients.

Abstract Introduction and objective: This work describes the importance of adopting effective methods of sampling reprocessed endoscopes for the detection of microorganisms adhered to the internal walls of these devices. The objective of this work is to compare the rate of bacterial contamination of the channels of reprocessed endoscopes, through irrigation water culture and that obtained after brushing the channels. A secondary objective was to determine the antimicrobial susceptibility of the pathogens isolated in both methods. Method: A total of 26 endoscopes (duodenoscopes, gastroscopes, colonoscopes, bronchoscopes and echoendoscopes) were subjected to automatic cleaning and reprocessing before use in patients at Hospital Juárez de México. Cleaned and reprocessed endoscopes were simultaneously subjected to two bacteriological test methods based on no brushing (method A) and brushing (method B) of the channels. Bacterial strains isolated after carcass culture were identified to genus and species level and subjected to antimicrobial resistance testing. Results: Method A revealed zero rate of residual bacterial contamination in both channels (suction and working). The microbiological results obtained by method B revealed bacterial contamination rates of 30.7%. Bacterial strains belonging to the families Enterobacteriaceae, Bacillaceae, Pseudomonadaceae, Micrococcaceae and Staphylococcaceae were identified. High rates of antimicrobial resistance were detected against 12 tested antibiotics from eight different families. Conclusion: Implementation of microbiological surveillance of endoscope reprocessing with modified sampling methods is necessary to prevent healthcare-associated infections from endoscopic procedures.

Resumen Introducción y objetivo: Este trabajo describe la importancia de adoptar métodos efectivos de muestreo de endoscopios reprocesados para la detección de microorganismos adheridos a las paredes internas de estos dispositivos. El objetivo de este trabajo es comparar la tasa de contaminación bacteriana de los canales de endoscopios reprocesados, mediante cultivo del agua de irrigación y la obtenida posterior a un cepillado de los canales. Un objetivo secundario fue determinar la sensibilidad antimicrobiana de los patógenos aislados en ambos métodos. Método: Un total de 26 endoscopios (duodenoscopios, gastroscopios, colonoscopios, broncoscopios y ecoendoscopios) fueron sometidos a limpieza y reprocesamiento automático antes de su uso en pacientes del Hospital Juárez de México. Los endoscopios limpios y reprocesados se sometieron simultáneamente a dos métodos de prueba bacteriológica basados en ausencia de cepillado (método A) y cepillado (método B) de los canales. Las cepas bacterianas aisladas después del cultivo de canales se identificaron a nivel de género y especie y se sometieron a pruebas de resistencia antimicrobiana. Resultados: El método A reveló cero tasa de contaminación bacteriana residual en ambos canales (succión y trabajo). Los resultados microbiológicos obtenidos por el método B revelaron tasas de contaminación bacteriana del 30.7%. Se identificaron cepas bacterianas pertenecientes a las familias Enterobacteriaceae, Bacillaceae, Pseudomonadaceae, Micrococcaceae y Staphylococcaceae. Se detectaron altas tasas de resistencia antimicrobiana contra 12 antibióticos probados de ocho familias diferentes. Conclusión: La implementación de la vigilancia microbiológica del reprocesamiento de endoscopios con métodos modificados de muestreo es necesaria para prevenir infecciones asociadas a la atención de la salud por procedimientos endoscópicos.

Resumen (Introducción): La biorremediación es una tecnología que utiliza microorganismos (bacterias, hongos, algas) o enzimas, para biodegradar contaminantes del petróleo y derivados y como otros contaminantes que están presentes en suelo, aire o agua. En América Latina, existe un alto grado de contaminación de sus ecosistemas; por tanto, esta tecnología es viable económica y ambientalmente para degradar contaminantes. Los hidrocarburos aromáticos policíclicos como asfaltenos y resinas son difíciles de degradar, así como los alifáticos y bifenilos policlorados. (Objetivo): Se busca dar una visión general de las publicaciones recientes sobre investigaciones científicas realizadas y metodologías de biorremediación de suelos contaminados por petróleo y sus derivados. (Metodología): Se realizó una búsqueda exhaustiva de la literatura científica de los últimos años, relacionada con el tema propuesto en bases de datos bibliográficas: Medline, Current Contents, PubMed, Google scholar, SciFinder, Scopus y en revistas especializadas: Chemosphere, Microbiología Aplicada, Biodegradation & Biodeterior, Sociedad Americana de Microbiología, Microbiología Frontal, Sci Total Environ. Las palabras clave utilizadas fueron en español o inglés. (Resultados): Los hidrocarburos poliaromáticos pueden ser biodegradados por diferentes bacterias que biodegradan solas o en consorcio, como el fenantreno (compuesto aromático) que fue biodegradado por 11 cepas bacterianas diferentes ( Sphingobium, Sphingomonas, Acidovorax, Alkaligenes, Actinobacteria, Burkholderia sp., Rhizobium sp., Pseudomonas sp., Stenotrophomonas y Sinorhizobium ). En biorremediación, se considera importante las variables fisicoquímicas, como el pH, temperatura, oxígeno y la humedad, al ser factores que influyen en el éxito del tratamiento. (Conclusiones): Se buscó aportar con esta revisión, soluciones viables a variados problemas de contaminación por hidrocarburos de los ecosistemas latinoamericanos.

Abstract (Introduction): Bioremediation is a technology that uses microorganisms (bacteria, fungi, algae) or enzymes to biodegrade oil pollutants and derivatives and other pollutants that are present in soil, air, or water. In Latin America there is a high degree of pollution of its ecosystems, therefore, this technology is economically and environmentally viable to degrade these pollutants. Polycyclic aromatic hydrocarbons, such as asphaltenes and resins, are difficult to degrade, as well as polychlorinated aliphatics and biphenyls. (Objective): It seeks to give an overview of recent publications on scientific research carried out regarding bioremediation methodologies for soils contaminated by oil and its derivatives. (Methodology): An exhaustive search of the scientific literature of recent years was carried out, related to the proposed topic in bibliographic databases: Medline, Current Contents, PubMed, Google scholar, SciFinder, Scopus and in specialized journals: Chemosphere, Applied Microbiology, Biodegradation & Biodeterior, American Society for Microbiology, Frontal Microbiology, Sci Total Environ. The keywords used were in Spanish or English. (Results): Polyaromatic hydrocarbons can be biodegraded by bacterial consortia, such as phenanthrene (aromatic compound) which was biodegraded by 11 different bacterial strains (Sphingobium, Sphingomonas, Acidovorax, Alkaligenes, Actinobacteria, Burkholderia sp., Rhizobium sp., Pseudomonas sp., Pseudomonas sp., Stenotrophomonas and Sinorhizobium). In bioremediation, physicochemical variables such as pH, temperature, oxygen, and humidity are considered important, as they are factors that influence the success of the treatment. (Conclusions): With this bibliographic review, we seek to provide viable solutions to various hydrocarbon pollution problems in Latin American ecosystems.

ABSTRACT The presence of pathogenic microorganisms in the air has a direct effect on human health. The objective of this research was to microbiologically characterize the air in the urban area of Calceta-Manabí at different times and days. 12 data collection points were established, the sampling was carried out during July 2019; The sedimentation method in Petri dishes was used to collect samples. Nutrient agar was used for bacteria and malt extract agar for fungi. The Petri dishes were placed open at a height of 1.50 m from the ground for 30 minutes. It was found that there is a high bacterial concentration in points close to the central market; and lower fungal concentration. There is a significant difference in the frequency of monitoring, where the average concentration of CFU / m3 and UPC / m3 is higher on weekends.

RESUMEN La presencia de microrganismos patógenos en el aire tiene un efecto directo sobre la salud humana. El objetivo de esta investigación fue caracterizar microbiológicamente el aire en el casco urbano de Calceta-Manabí en diferentes horas y días. Se establecieron 12 puntos de recolección de datos, el muestreo se realizó durante julio del 2019; se empleó el método de sedimentación en cajas de Petri para la recolección de muestras. Para bacterias se colocó agar nutriente y para hongos agar de extracto de malta. Las cajas Petri fueron colocadas abiertas a una altura de 1,50 m del suelo durante 30 minutos. Se encontró que existe alta concentración bacteriana en los puntos cercanos al mercado central; y menor concentración fúngica. Existe diferencia significativa en la frecuencia de monitoreo, donde la concentración media de UFC/m3 y UPC/m3 es mayor en los fines de semana.

Resumen Antecedentes: Las técnicas de biodetección han sido objeto de un interés cada vez mayor debido a ventajas, tales como alta selectividad y sensibilidad, facilidad de manejo, bajo costo, tiempo de análisis corto, preparación sencilla de muestras y detección en tiempo real. Los biosensores se han desarrollado integrando la especificidad única de las reacciones biológicas y la alta sensibilidad de los sensores físicos. Por lo tanto, las técnicas de biodetección han tenido un amplio campo de aplicación y hoy en día son omnipresentes en diferentes áreas del medio ambiente, la salud y la seguridad alimentaria. Se han utilizado biosensores para estudios ambientales, detectando y cuantificando contaminantes en el agua, el aire y el suelo. Los biosensores también mostraron un gran potencial para desarrollar herramientas analíticas con innumerables aplicaciones en el diagnóstico, prevención y tratamiento de enfermedades, principalmente mediante la detección de biomarcadores. Los biosensores como dispositivo médico pueden utilizarse para identificar ácidos nucleicos, proteínas, péptidos, metabolitos, etc. Estos analitos pueden ser biomarcadores asociados al estado de la enfermedad. La contaminación bacteriana de los alimentos se considera un problema de salud pública mundial; se pueden utilizar técnicas analíticas basadas en biosensores para determinar la presencia o ausencia de agentes patógenos en los alimentos. Objetivos: La presente revisión tiene por objeto establecer los últimos adelantos en la utilización de biosensores basados en ácidos nucleicos y su novedosa aplicación para la detección de ácidos nucleicos. Se hará hincapié en las características del desempeño, las ventajas y los desafíos. Además, se examinarán las aplicaciones de los biosensores basados en ácidos nucleicos para la inocuidad de los alimentos. Métodos: Se examinaron artículos de investigación recientes relacionados con los biosensores a base de ácidos nucleicos, los biosensores para la detección de ácidos nucleicos, los biosensores y la inocuidad de los alimentos, y los biosensores para la vigilancia del medio ambiente. También se incluyeron plataformas de biosensores asociadas al diagnóstico clínico y a la industria alimentaria. Resultados: Es posible apreciar que se han reportado múltiples aplicaciones de biosensores basados en ácido nucleico para el diagnóstico, prevención y tratamiento de enfermedades, así como para identificar bacterias patógenas transmitidas por los alimentos. El uso de PNA y aptámeros abre la posibilidad de desarrollar nuevas herramientas biométricas con mejores propiedades analíticas. Conclusiones: Los biosensores pueden ser considerados como los instrumentos más importantes para la prevención, el tratamiento y la vigilancia de las enfermedades que tienen un impacto significativo en la salud humana. Los aptámeros tienen ventajas como elemento de biorreconocimiento debido a la conformación estructural, capacidad de hibridación, robustez, estabilidad y menores costos. Es necesario implementar biosensores in situ para identificar analitos con alta selectividad y menores límites de detección.

Abstract Background: Biosensing techniques have been the subject of exponentially increasing interest due to their performance advantages such as high selectivity and sensitivity, easy operation, low cost, short analysis time, simple sample preparation, and real-time detection. Biosensors have been developed by integrating the unique specificity of biological reactions and the high sensitivity of physical sensors. Therefore, there has been a broad scope of applications for biosensing techniques, and nowadays, they are ubiquitous in different areas of environmental, healthcare, and food safety. Biosensors have been used for environmental studies, detecting and quantifying pollutants in water, air, and soil. Biosensors also showed great potential for developing analytical tools with countless applications in diagnosing, preventing, and treating diseases, mainly by detecting biomarkers. Biosensors as a medical device can identify nucleic acids, proteins, peptides, metabolites, etc.; these analytes may be biomarkers associated with the disease status. Bacterial food contamination is considered a worldwide public health issue; biosensor-based analytical techniques can identify the presence or absence of pathogenic agents in food. Objectives: The present review aims to establish state-of-the-art, comprising the recent advances in the use of nucleic acid-based biosensors and their novel application for the detection of nucleic acids. Emphasis will be given to the performance characteristics, advantages, and challenges. Additionally, food safety applications of nucleic acid-based biosensors will be discussed. Methods: Recent research articles related to nucleic acid-based biosensors, biosensors for detecting nucleic acids, biosensors and food safety, and biosensors in environmental monitoring were reviewed. Also, biosensing platforms associated with the clinical diagnosis and food industry were included. Results: It is possible to appreciate that multiple applications of nucleic acid-based biosensors have been reported in the diagnosis, prevention, and treatment of diseases, as well as to identify foodborne pathogenic bacteria. The use of PNA and aptamers opens the possibility of developing new biometric tools with better analytical properties. Conclusions: Biosensors could be considered the most important tool for preventing, treating, and monitoring diseases that significantly impact human health. The aptamers have advantages as biorecognition elements due to the structural conformation, hybridization capacity, robustness, stability, and lower costs. It is necessary to implement biosensors in situ to identify analytes with high selectivity and lower detection limits.

Abstract The aim of this study was to identify pathogenic bacteria in fishes from 4 communities on the western Pacific coast of Nicaragua. A total of 62 fishes were collected for microbiological analysis using muscle samples, which were inoculated on thiosulfate-citrate-bile salts-sucrose agar and trypticase soy agar. Bacterial identification was carried out by biochemical tests and tests of tolerance to different NaCl concentrations, and the Kirby-Bauer method was used to determine the bacterial resistance. The results revealed the presence of Vibrio metschnikovii in 30.64% (95% CI: 18.36-42.92) of the fish samples, while Salinivibrio costicola was detected in 22.58% (95% CI: 11.37-33.79) of the samples. Coagulase-negative staphylococci (CoNS) were detected in 82.30% (95% CI: 71.94-92.57) of the samples. Species of the genus Vibrio were detected at a concentration of 3.9 × 103 CFU·g-1 in fish samples from the Las Peñitas community and 2.52 × 103 CFU·g-1 in samples from Poneloya, and these values were significantly higher (P = 0.003) than those found for samples from El Tránsito (5.25 × 102 CFU·g-1). Furthermore, 100% of the V. metschnikovii and S. costicola strains were resistant to amoxicillin/clavulanic acid and sensitive to ciprofloxacin. The bacterial load for S. costicola is typical of marine environments and does not represent a health hazard. However, V. metschnikovii can be present in raw fish and it therefore represents a public health hazard, as do CoNS, which are indicators of anthropogenic contamination.

Resumen El objetivo de este estudio fue identificar bacterias patógenas en peces procedentes de 4 comunidades en la costa del Pacífico en el occidente de Nicaragua. Se recolectaron 62 peces para realizar el análisis microbiológico a partir de muestras de músculo, las cuales fueron inoculadas en agar tiosulfato citrato bilis sacarosa y agar tripticasa de soja. La identificación bacteriana se realizó mediante pruebas bioquímicas y de tolerancia a diferentes concentraciones de NaCl, y para determinar la resistencia bacteriana, se empleó el método Kirby-Bauer. Los resultados mostraron presencia de Vibrio metschnikovii en un 30.64% (IC 95%: 18.36-42.92) de las muestras de peces, mientras que Salinivibrio costicola fue detectada en un 22.58% (IC 95%: 11.37-33.79) de las muestras. Staphylococcus coagulasa negativa (SCN) fue detectada en un 82.30% (IC 95%: 71.94-92.57) de las muestras. Especies del género Vibrio fueron detectadas a una concentración de 3.9 × 103 UFC·g-1 en las muestras de peces de la comunidad Las Peñitas y de 2.52 × 103 UFC·g-1 en las de Poneloya, y estos valores fueron significativamente mayores (P = 0.003) que aquellos encontrados para las muestras de El Tránsito (5.25 × 102 UFC·g-1). Además, el 100% de las cepas de V. metschnikovii y S. costicola fueron resistentes a amoxicilina/ácido clavulánico y sensibles a ciprofloxacina. La carga bacteriana de S. costicola es propia de ambientes marinos y no representa riesgo sanitario. Sin embargo, V. metschnikovii puede estar presente en el pescado crudo y, por lo tanto, representa un peligro para la salud pública, así como también lo es SCN, que es un indicador de contaminación antropogénica.

RESUMEN El plomo y sus diferentes formas químicas se han utilizado ampliamente en la industria durante los últimos años y el resultado es la alta contaminación detectada en el agua y el suelo. Se aislaron microorganismos resistentes al plomo (II) de muestras líquidas recolectadas en Mina Asientos, Cochabamba-Bolivia. Se aislaron once cepas en medio sólido con 200 ppm de Pb (II) y se seleccionaron 4 cepas para remoción de metales en muestras líquidas, una cepa presentó los valores de remoción de Pb (II) más altos para 250 ppm de Pb (II). La cepa seleccionada designada como MA-4 se sometió a estudios filogenéticos y mostró una similitud de secuencia del 99,9% con Pseudomonas monteilii. La biosorción sigue los modelos de isotermas de Langmuir y Freundlich, con valores de qmax y Kf de 166,67 y 11,09, respectivamente. Estos resultados implicaron una fuerte capacidad de unión a la biomasa muerta y su potencial aplicación en el proceso de biosorción.

ABSTRACT Lead and its different chemical forms have been widely used in industry over the past years and the result is the high pollution detected in water and soil environments. Lead (II) resistant microorganisms were isolated from liquid samples collected from Mina Asientos, Cochabamba-Bolivia. Eleven strains were isolated in solid media with 200 ppm Pb(II) and 4 strains were selected for metal removal in liquid samples. One strain presented the highest Pb(II) removal values for 250 ppm Pb(II). The selected strain designated as MA-4 was subjected to phylogenetic studies and showed 99.9 % sequence similarity with Pseudomonas monteilii. The biosorption follows Langmuir and Freundlich isotherm models, with qmax and Kf values of 166.67 and 11.09, respectively. These results implied a strong binding capacity to dead biomass and its potential application in biosorption process.

ABSTRACT Introduction: Extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli strains are multiresistant pathogens and one of the bacteria contributing most greatly to bacterial antibiotic resistance in clinical practice. However, they are increasingly isolated from natural environments, such as aquatic ecosystems, where they are used as fecal pollution indicators. Objective: Evaluate antibiotic susceptibility and extended-spectrum β-lactamase enzyme production in Escherichia coli isolates from freshwater ecosystems in Havana. Methods: An analysis was conducted of 43 E. coli isolates from the rivers Almendares, Quibú and Luyanó in Havana. Determination was made of susceptibility to 18 antibiotics and phenotypic production of extended-spectrum β-lactamases according to standards from the Clinical and Laboratory Standards Institute. Molecular detection of the enzymes was performed by polymerase chain reaction. Estimation was carried out of the antibiotic multiresistance index and the resistance patterns of each extended-spectrum E. coli β-lactamase isolate. Results: Of the E. coli isolates studied, 65% were resistant to at least one antibiotic, whereas 35% were sensitive to all antibiotics. The extended-spectrum β-lactamase phenotype was detected in seven isolates, of which four were carriers of the gene bla CTX-M-1 and three contained bla TEM. 37% of the E. coli isolates displayed antibiotic multiresistance index values below 0.22, 16% of 0.22, 9.3% above 0.5 and 5% above 0.7. ESBL E. coli isolates displayed co-resistance to the families tetracyclines, quinolones, aminoglycosides and macrolides. Conclusions: The presence of multiresistant extended-spectrum β-lactamase-producing environmental E. coli isolates in Havana freshwater ecosystems highlights the need to implement control strategies aimed at preventing the spread of these isolates in natural environments.

RESUMEN Introducción: Las cepas de Escherichia coli productoras de β-lactamasas de espectro extendido son patógenos multirresistentes y una de las bacterias que más contribuyen con la resistencia antibiótica bacteriana en la clínica. Sin embargo, se aíslan cada vez con más frecuencia de ambientes naturales, tales como los ecosistemas acuáticos en los cuales se emplea como un indicador de contaminación fecal. Objetivo: Evaluar la susceptibilidad a los antibióticos y la producción de enzimas β-lactamasas de espectro extendido de aislados de Escherichia coli procedentes de ecosistemas dulceacuícolas de La Habana. Métodos: Se analizaron 43 aislados de E. coli provenientes de los ríos Almendares, Quibú y Luyanó de La Habana. Se determinó la susceptibilidad a 18 antibióticos y la producción fenotípica de β-lactamasas de espectro extendido según las normas del Instituto de Estándares para el Laboratorio Clínico. La detección molecular de las enzimas se realizó mediante reacción en cadena de la polimerasa. Se calculó el índice de multirresistencia a los antibióticos y los patrones de resistencia de cada aislado de E. coli-β-lactamasas de espectro extendido. Resultados: El 65 % de los aislados de E. coli fueron resistentes al menos a un antibiótico y el 35 % fueron sensibles a todos los antibióticos. El fenotipo β-lactamasas de espectro extendido fue detectado en siete aislados; de estos, cuatro fueron portadores del gen bla CTX-M-1 y tres presentaron bla TEM. El 37 % de los aislados de E. coli mostraron valores de índices de multirresistencia a los antibióticos menores que 0,22; el 16 % de 0,22; el 9,3 % mayor que 0,5; y el 5 % mayor que 0,7. Los aislados de E. coli-BLEE mostraron corresistencia a las familias de las tetraciclinas, quinolonas, aminoglucósidos y macrólidos. Conclusiones: La presencia de aislados ambientales multirresistentes de E. coli productores de β-lactamasas de espectro extendido en ecosistemas dulceacuícolas de La Habana destaca la necesidad de implementar estrategias de control para prevenir la diseminación de estos aislados en los ambientes naturales.